A partir du 11 novembre 1942, la zone libre est à son tour occupée par les allemands qui ripostent ainsi au débarquement allié en Afrique du Nord. Ils mettent en place un réseau de postes de guet aérien dans la région du plateau de Valensole, à Puimoisson, Riez, Valensole, Montagnac, Quinson, ils s’installent à Puimoisson le 21 octobre 1943.
Le village va devenir un centre d’observation pour les troupes allemandes. Il s’agit de protéger ces dernières contre un débarquement éventuel des troupes alliées sur la Méditerranée.
Le maire de Puimoisson, Monsieur de Saint Léon reçoit une lettre de la Préfecture des Alpes qui le prévient qu’un centre devant être établi dans sa commune, il devra préparer un local confortable pour les militaires chargés de cette mission.
Cette situation durera à peu près un an sans que personne de la localité ne s’occupe d’eux.
Il y avait 6 allemands à Puimoisson. Ils habitaient dans la maison de monsieur Rouvier dans la Grand Rue. D’après les habitants de Puimoisson, ils étaient plutôt conciliants.
Pourtant, il y avait beaucoup de parachutage sur le plateau de Valensole en 1944 afin de ravitailler la résistance et le maquis en armes.
Cependant, il y avait plusieurs maquis dans les alentours et les FFI et FTP les composant, conçurent le projet de prendre d’assaut la maison occupée par les allemands.
C’est ainsi qu’on commença à voir des jeunes gens passer dans les rues du village, vêtus comme des paysans et portant sur l’épaule une bêche ou une pioche. Ils venaient au presbytère demander au curé Papillier une cigarette ou un verre de vin. Ils en profitaient pour glaner des informations auprès des habitants.
Le débarquement des troupes alliées en Normandie fut le signal du déclenchement d’une offensive en miniature contre le repaire de ces derniers.
Les FTP décident d’attaquer le poste le 9 juin 1944 vers 2 heures 30 du matin. Après un échange de coups de feu, on relève deux corps : Jean Arnoux et Roger Lemord. Aucun des attaquants n’est de Puimoisson, ils venaient de Bras d’Asse ou de La Bégude, d’après les témoins de l’époque.
Vers midi une bonne sœur de l’hospice, transformé en hôpital vint chercher le curé Papillier afin qu’il se rende au chevet des blessés. Il n’eut que le temps de donner les derniers sacrements aux 2 FTP mourants : Roger Lemord et Jean Arnoux
Il visite aussi trois soldats allemands blessés.
Durant l’attaque, un soldat autrichien s’échappe et rejoint le maquis, cinq soldats Allemands se rendent. Ils sont emmenés par les maquisards.
Deux autres allemands sont tués le même jour à l’entrée du village devant l’hôtel. Ils arrivaient de la route de Moustier avec du ravitaillement.
Monsieur de Saint Léon, le maire, comprenant que ces morts pouvaient être la cause de représailles de la part des allemands, décide de faire enterrer les deux hommes au cimetière.
Ce jour là, la place du village est remplie d’une foule importante composée d’habitants, de représentants locaux de la Résistance et les 5 soldats allemands.
Que faire des prisonniers ? Sur l’insistance expresse du curé Papiller et des Puimoissonnais, qui craignent des représailles sur les prisonniers en Allemagne, les allemands sont emmenés au maquis.
On sut plus tard qu’ils avaient été fusillés.
Ainsi, ce 9 juin 1944 Puimoisson est libéré. Il n’y a plus de soldats allemands en son sein et le reste de la journée se passe dans la joie.
Mais dès le lendemain, des bruits circulent disant que les allemands viendraient le lendemain dimanche matin voir ce qui se passe, probablement parce que Puimoisson n’avait plus de communication par téléphone avec Digne.
Les habitants quittent précipitamment le village par peur des représailles.
Les familles vont se réfugiées dans la famille dans d’autres villages ou dans des cabanons aux alentours.
Effectivement, le dimanche 11 juin, les allemands viennent à Puimoisson. Une dizaine de camions chargés de soldats armés de mitraillettes et d’un canon s’alignent sur la place. Un capitaine surgit du camion et interpelle le curé Papillier. Il vocifère contre le curé et la population. Il les rend responsable de la mort des soldats. Le curé lui répond en allemand que la population n’est pas coupable. Le capitaine continue d’être menaçant. Il dit : « La preuve que la population est coupable de ces crimes c’est qu’elle a fuit devant la répression qu’elle craignait »
Le curé caricature les villageois en les décrivant comme peu intelligents.
Il amène les allemands au cimetière et lui montre la tombe où sont enterrés les deux allemands.
A la vue de la tombe garnie de fleurs, où respire la piété envers les morts, les allemands se calment et n’osent plus montrer leur mauvaise humeur.
Les allemands menacent la population en disant que si de tels faits se reproduisaient, ils reviendraient et prendraient des otages. Mais finalement, ils repartent.
Le lundi et le mardi passent sans encombre. Le mercredi, une bonne partie des habitants rentre chez elle et le jeudi soir, toute la population est rentrée dans ses foyers.
Mais, dans la nuit du 16 juin 1944, des bruits terribles éveillent les Puimoissonnais. Les allemands encerclent le village. Les soldats passent de maison en maison et obligent les habitants à se regrouper sur la place.
Toute la population y compris les enfants sont massés sur la place, les hommes et les jeunes gens d’un côté, les femmes, les jeunes filles et les enfants de l’autre.
Pendant ce temps, les soldats fouillent toutes les maisons.
Le chef de la Gestapo interroge longuement le curé Papillier sur les idées du maire de Saint Léon, de la municipalité et du corps enseignant. Il veut connaitre le nom de communistes, socialistes ou juifs du village.
Enfin, il veut savoir qui dans le village a indiqué aux maquisards l’emplacement de la maison attaquée.
Le curé Papillier, qui est un réfugié lorrain et qui parle très bien l’allemand, répète à l’envi que les habitants de Puimoisson ne sont pas responsables de cette attaque. C’est grâce à lui et au maire, monsieur de Saint Léon, que les choses se passent bien.
Dans le village était cachée une famille de juifs parisiens. Ils étaient hébergés par Jules et Marie Garcin.
Il y avait le père, la mère et trois enfants. Beaucoup de gens, dans le village, avait connaissance de leur présence mais personne n’a pipé mot. Grâce à cette protection tacite, la famille put passer les contrôles sans se faire démasquer.
En début d’après midi, les membres de la gestapo quittent le village en laissant les habitants sous la surveillance des quelques soldats. Ceux-ci se montrent beaucoup plus coulants et laissent les mères chercher de quoi nourrir les enfants.
Il y a un changement radical dans l’état de la foule, ce n’est plus la terreur qui règne.
Vers cinq heures et demi, la Gestapo revient. Le chef s’approche et dit à la foule : "Habitants de Puimoisson, vous êtes libres. Vous pouvez retourner dans vos maisons. Mais si pareil fait se représente, vous serez tous fusillés et vos maisons seront brûlées. »
En fin de journée, les allemands s’en vont très rapidement laissant la population stupéfaite mais soulagée.
Parmi les allemands du poste de garde Puimoissonnais, se trouvait un soldat d’origine autrichienne, qui visiblement n’approuvait pas la présence des occupants sur le sol français. Il avait, quand il pouvait, de bon contact avec la population. Lors de l’attaque du 9 juin, il avait réussi à s’échapper et se réfugier dans un cabanon. Il fut retrouvé quelques jours après par des habitants et caché jusqu’à la fin de la guerre.
Il revint à plusieurs reprises voir les gens de Puimoisson avec sa famille, jusqu’à sa mort.
Le 15 août 1944, les troupes alliées débarquent en Provence.
Le 18 août, vers 16 heures les troupes américaines arrivent à Puimoisson par la route de Riez.
Ils sont accueillis par les Puimoissonnais en liesse.
Ils restent quelques jours sur les aires, aux abords du village avant de repartir vers Digne qu’ils libèrent. Ils remontèrent ensuite pour se battre dans le nord de la France.
Lors de son passage à Puimoisson, un général américain remet au maire une feuille trouvée dans la redingote du général allemand Hans Schuberth. Ce document était une liste renfermant les noms de ceux qui devaient, à Puimoisson, être passés par les armes. Parmi les 21 condamnés à mort figuraient entre monsieur de saint Léon, le curé Papillier ainsi que 19 autres choisis parmi les notables de la localité. L’exécution aurait dut avoir lieu ce 18 août 1944.
Une série de trois téléfilms réalisés par le grand réalisateur Jean Prat ont été tournés entre 1975 et 1977 qui s'inspirent librement de ces événements.