L'approche de l'an 1000 est une période d'appréhension et de terreur. Ce cap passé, s'ouvre une période d'espoir et de reconnaissance en Dieu qui se manifeste concrètement par des créations de monastères et de dons aux églises.
En 1033, à Riez, une noble dame appelée Algarade, fit don à la célèbre abbaye de Lérins, de toutes les propriétés qu'elle possédait à Puimoisson. Elle fut imitée par un seigneur de Roumoules nommé Boniface. Lui aussi fit don de tous les biens qu'il possédait à Puimoisson. Ces biens étaient assez considérables pour qu'une nombreuse colonie de moines vint s'y installer.
Comme le "Castrum" était la propriété du comte de Provence et le village dépendait de l'évêque de Riez, les moines s'installèrent en face de Puimoisson sur la colline de Beauvezet, d'où ils dominaient la vallée. Des habitations furent construites avec une chapelle attenante vers 1100.
Ils partirent quand arrivèrent à Puimoisson les Commandeurs de l'Ordre de Malte.
En 1150, Raymond Béranger, comte de Provence leur fit donation du "village de Saint Michel de Puimoisson" et jeta ainsi les fondations de la puissance temporelle de
l'Ordre sur notre pays.
Deux autres donations vinrent agrandir le territoire : celle du Domaine de Telle (1194) et celle du Domaine de Maroue (1198).
En 1231, le comte de Provence leur vendit le village fermé et fortifié, "le Castrum" proprement dit. Cela fit des Chevaliers les véritables maîtres et seigneurs
directs du pays, leur imposant des obligations notamment celle de protéger leurs ouailles et vassaux.
Pour cette raison, ils construisirent un château qui a aujourd'hui, totalement disparu mais dont il reste l'église. Ce château était monumental et grandiose avec
ses huit tours de seize mètres de hauteurs reliées entre elles par une ceintures de créneaux, dominant toute la région.
Il se présentait sous forme d'un rectangle allongé, flanqué aux quatre angles de quatre tours rondes crénelées de 16 mètres de hauteur et de quatre autres tours
carrées, également crénelées de 12 mètres de haut dont deux sur la face ouest, une sur la face nord et une au levant où se trouvait la grande porte d'entrée. Ces tours étaient reliées entre elles
par des entre-murs crénelés, derrière lesquels circulait un chemin de ronde.
Ce château servait de palais du Commandeur, de couvent aux religieux et d'hôpital pour les pauvres.
Construit en pierres de taille, il avait une cours intérieure au milieu de laquelle fut creusé un puits.
A côté du château fut bâtie l'église qui lui était contiguë et dont les murs à l'ouest étaient mitoyens.
Elle prit le titre d'église Saint Michel.
Ainsi, le village qui avant, se situait sur toute la pente depuis le bas fond, va se fixer, à flan de coteau, contre le château, pris dans des remparts pour protéger la population.
La villa Saint Michel, extérieure aux remparts, abandonnée de ses habitants, tomba en ruine.
Aujourd’hui, le village tel que nous le connaissons, a gardé cette structure médiévale.
L'église Saint Michel n’était pas la seule église du village. Il y en avait trois autres. Celle-ci était uniquement l’église du château.
Le Commandeur, lorsque il était présent à Puimoisson, pouvait assister à la messe sans sortir de son château, en passant par une porte qui accédait directement à l’église à la hauteur du chœur.
Cette porte a été ensuite bouchée lorsque l’église a été agrandie au XVII° siècle avec une seconde nef.
Seigneurs spirituels, les Commandeurs de Puimoisson percevaient la dîme sur les grains, le vin et les bestiaux sur tout le territoire.
Seigneurs temporels, ils jouissaient du droit de haute, moyenne, basse justice, pouvaient pendre les criminels, emprisonner, lever les amendes. Ils percevaient divers droits féodaux (banalité des deux fours et des deux moulins). En échange, ils devaient rétribuer les prêtres, distribuer des aumônes (par exemple : un pain et une écuelle de fèves bouillies à ceux qui se présentaient le jeudi saint, du vin à ceux qui communiaient le jour de Pâques...)
De leur côté, les habitants élisaient un conseil deux syndics, plus tard trois consuls, chargés de défendre leurs droits contre les exigences des Commandeurs.
Elion de Villeneuve accorde un privilège (fort apprécié à l'époque) la tenue d'une foire annuelle qui durent trois jours à Pentecôte et la tenue d'un marché tous les mardis.
En 1338, la Commanderie de Puimoisson comporte 14 frères : 3 chevaliers, 7 chapelains, 4 servants.
La seconde moitié du XIVème siècle est une période très perturbée.
Raymond de Turenne, appelé le Fléau de Provence, combat les partisans d'Anjou, après que la seconde dynastie angevine des comtes de Provence fut revenue sur les donations effectuées par la reine Jeanne.
Des villages sont rasés. Pour faire face, le commandeur de Puimoisson fait remettre en état les remparts (1390) ravitaille la place, amène des soldats et des munitions.
Une alliance offensive et défensive est organisée. Une petite armée est créée, un impôt spécial est prélevé tant sur les laïques que sur les religieux. L'alliance régionale est réunié à Aix.
Belle avancée pour les habitants de la commanderie, une mesure générale d'affranchissement fait des serfs des hommes libres.