Les guerres de religion qui ensanglantèrent la France durant quarante ans, à la fin du XVI° siècle furent particulièrement dures pour Puimoisson. Sa forteresse attira l'attention et exposa le village aux incursions des belligérants.

Dès 1560, Antoine de Mauvans saccageait le pays : le 3 juillet 1574, Baschi, seigneur d'Estoublon surprenait le bourg, le pillait et y laissait une garnison calviniste que le maréchal de Retz, à la tête des catholiques chassait à la suite d'un assaut meurtrier 5 mois après.

De nouveau, en 1578, les religionnaires s'en emparaient. En 1585, c'était un chef des Ligueurs, le capitaine Carlier qui l'occupait, la fortifiait et repoussait plusieurs attaques des calvinistes en 1587.

En 1595, seulement le village ouvrit ses portes à Lesguignières, lieutenant d'Henri IV en Provence.Ainsi, pris et repris cinq fois successivement par les religionnaires, les ligueurs et les royalistes, le village ressentit plus cruellement que bien d'autres, toutes les horreurs de la guerre. Notamment, la chapelle Saint-Apollinaire fut dévastée et toutes les archives municipales détruites par le feu.

Le cimetière fut réduit et reculé, agrandissant ainsi la place devant l'église, là où se tenait chaque dimanche, un marché. Tout fut terminé en août 1660.

Les 25 protestants de Puimoisson abjurent leur religion

Jusqu‘en 1700, chaque 27 décembre, les trois consuls sont élus par la communauté. Ils sont les magistrats représentants la commune.

Sous le nom un peu prétentieux de collège, une école communale fonctionnait à Puimoisson bien avant 1600

On impose deux livres par feu pour l’entretien des chemins

Interdiction aux mendiants valides de demander l’aumône, ils doivent travailler

En 1703, ordre arrive à la communauté de tirer au sort une recrue, les jeunes se cachent. Les consuls ont beaucoup  de mal avec ces recrutements très impopulaires

A partir de 1705 et jusqu’en 1720, les récoltes sont mauvaises, mais la taille (impôt à la charge de la communauté) augmente considérablement.

Il faut encore ajouter un impôt, payé à la viguerie de Moustiers, pour l’entretien des chemins. Le pays s’enfonce dans la misère

A Moustiers, le magistrat qui encaisse les impôts est sans pitié ; il fait saisir bétail ou récolte.

Lors de la grande peste de 1720 qui décima Marseille, les Consuls de Puimoisson instaurèrent une sévère quarantaine, puis, les nouvelles étant de plus en plus alarmantes, recouvrirent à un strict isolement. des barricades furent élevées et des fossés creusés pour interdire toute communications avec les étrangers. La contagion fut ainsi évitée.

 Il existait deux chapelles, à Puimoisson ,auxquelles la population tenait beaucoup : l'une dédiée à Saint Roch, était à l'entrée du village du côté de Riez, à l'endroit où se trouve l'oratoire dédié à ce saint.

L'autre, dédiée à Saint Sébastien, était bâtie en haut du village, sur la route de Digne. Ces deux saints avaient été placés là, comme sentinelles pour empêcher l'entrée de la contagion dans le village lors des grandes pestes.

Ces deux chapelles étaient en 1784 dans un piteux état. Cependant, le Commandeur trouvant le coût des réparations trop important, refusa les réfections.

Ainsi, après la révolution, le toit de la chapelle Saint Sébastien servit à réparer celui de l'église paroissiale et ses ruines ont très vite complètement disparues.

La chapelle de saint Roch fournit les tuiles pour réparer le toit de la maison commune. Il ne reste plus que le petit oratoire.

Les commandeurs dépendent du prieuré de Saint Gilles, les biens leur sont seulement confiés. Avec leurs revenus ils doivent nourrir leur communauté (chapelains, donats…), ils ont à charge le service religieux et doivent assister les pauvres. Tout le reste est versé dans les caisses de l’Ordre de Malte. Pour faire partie de l’Ordre de Malte les sujets qui se présentent doivent prouver leur noblesse sur plusieurs générations.

Comme les seigneurs, les commandeurs prélèvent les taxes et les droits sur la communauté ils rendent justice.

Puimoisson possède un tribunal avec juge et procureur. Le prétoire est dans la grande salle du château et la prison dans la tour ronde.

Les prêtres et frères d’obédience dépendent bien sur du commandeur.

D’après Joseph Maurel, les biens de la commanderie représentent 1/12 du territoire de la commune. Deux syndics et trois consuls nommés annuellement gèrent les affaires de la commune. C‘est eux qui nomment les employés communaux gardes, gadelliers, peseurs, conducteurs d’horloge, médecins, sage femmes et instituteurs.

Depuis 1600, Puimoisson possède son école, un petit hôpital « Hôpital Saint Jacques » l’hospitalière, nommée par le conseil, soigne gratuitement. Des dames de charité visitent à domicile.